DOCUMENTATION
Vous pouvez retrouver plus d'information sur cette suite de logiciels ici : http://ambermd.org
Pour utiliser la dernière version installée sur le cluster :
module load amber/amber-22.gcc11
Calcul parallèle
Voici un exemple de script de soumission pour lancer un calcul parallèle :
#! /bin/sh
# 1 noeud 8 coeurs
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur
module load amber/amber-22.gcc11
mpirun sander.MPI [vos_arguments]
Calcul sur GPU
Voici un exemple de script de soumission pour calculer sur un GPU :
#! /bin/sh
# 1 noeud 1 GPU
#SBATCH -p publicgpu # File d'attente GPU
#SBATCH -N 1-1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1 # Pour réserver une machine avec 1 GPU
#SBATCH -o fichier_sortie
#SBATCH -e fichier_erreur
module load amber/amber-22.gcc11
pmemd.cuda [vos_arguments]
VERSIONS ET SCRIPTS D'INSTALLATION
- amber18 (latest)
- amber14-gnu48
- amber14
- amber-22.gcc11
TAGS
- software